MTs N Jeketro pertama kali berdiri pada tanggal 18 Mei 1970 yang bernama Madrasah Tsanawiyah Futuhiyah Jeketro yang didirikan oleh Yayasan Sosial Islam Futuhiyah Jeketro.Waktu itu statusnya masih swasta, dengan jumlah murid yang belum terlalu banyak. Gedung yang dimiliki masih bersamaan dengan Madrasah Diniyah Futuhiyah dan Madrasah Aliyah Futuhiyah yang sama-sama berada dalam satu yayasan. Letak gedung waktu itu masih disekitar kompleks Masjid Annur Desa Jeketro.Latar belakang didirikan MTs Futuhiyah didasari atas perkembangan yang cukup baik dari Madrasah Ibtidaiyah (MI) Futuhiyah Jeketro yang telah didirikan sebelumnya sejak 1 Januari 1936. Juga didorong oleh rasa tanggung jawab untuk menciptakan generasi muda yang beriman, bertaqwa kepada Allah SWT, cerdas dan terampil dari para tokoh masyarakat dan pemuka agama Desa Jeketro. Maka atas restu Bapak K. Mudrik Rahmatullah alaihi akhirnya berdirilah MTs Futuhiyah Jeketro sebagai kelanjutan pendidikan dari MI Futuhiyah Jeketro.
Kemudian pada Tahun 1983 MTs Futuhiyah Jeketro mulai berubah status menjadi MTs Negeri Filial Mranggen berdasarkan SK Kanwil Departemen Agama Provinsi Jawa Tengah Tanggal 29 November 1983Nomor : Wk/5.c/3010/Ts.Fil/83 dan diresmikan tanggal 12 April 1984.
Perkembangan selanjutnya, berdasarkan SK Menteri Agama RI No. 244 Tahun 1993 tanggal 25 Oktober 1993 MTs Negeri Filial Mranggen ditetapkan menjadi MTs Negeri Jeketro Kabupaten Grobogan, dan diresmikan oleh Bupati KDH Tingkat II Kabupaten Grobogan Bpk. H. Mulyono US pada tanggal 13 Januari 1994.mengajukan menjadi MTs Negeri. Maka mulai Tahun MTs Futuhiyah Jeketro mulai berstatus MTs N Jeketro Fillial Surakarta, dan pada Tahun menjadi MTs N Jeketro Fillial Mranggen. Akhirnya pada Tahun MTs Negeri Jekerto resmi menjadi MTs Negeri yang mandiri dan satu-satunya MTs Negeri yang ada di Kabupaten Grobogan. Sehinga seluruh MTs Swasta yang ada di wilayah Kabupaten Grobogan menginduk ke MTs N Jeketro.
Tetapi mulai tahun telah berdiri lagi MTs N di wilayah Grobogan bagian Timur yaitu MTs N Wirosari. Sehingga MTs –MTs Swasta di wilayah Grobogan Timur beralih menginduk ke MTs N Wirosari.
Hingga sekarang MTs N Jeketrotelah memiliki gedung sendiri dengan jumlah yang sudah sangat memadai dan terletak terpisah dari Yayasan Futuhiyah Jeketro. Dari tahun ke tahun MTs N Jeketro telah mengalami kemajuan dan perkembangan yang sangat pesat. baik dari jumlah siswa, jumlah guru, tenaga TU, fasilitas-fasilitas serta mutu pendidikan dan pengajarannya selalu mengalami peningkatan. Hal ini dapat dilihat dari lulusannya yang selalu mengalami kesuksesan. Beberapa kali MTs N Jeketro lulus 100 % dalam mengikuti Ujian Nasional, termasuk pada ujian Tahun Pelajaran 2009/2010 kemarin. Jumlah calon siswa baru yang ingin masuk menjadi siswa MTs N Jeketrojuga dari tahun ke tahun selalu mengalami peningkatan peminatnya. Kini pada Tahun Pelajaran 2011/2012 MTs Jeketro memiliki jumlah siswa 796 siswa dan jumlah guru 46 guru.
